Anaconda pour l’oceanographie

Installation de Anaconda

Se réferer à la page Configurer son ordi Ubuntu pour le calcul scientifique pour l’installation de miniconda.

Création d’un environnement pour l’océanographie

conda create --name oceano
conda activate oceano
conda install pandas numpy xarray netcdf4 dask scipy ipython jupyter cartopy numba
conda install matplotlib ipykernel cloudpickle
conda install -c conda-forge xgcm hdf5storage

creation d’un environnement pyferret uniquement

Se référer à la page Installation de pyferret avec Anaconda pour l’installation de pyferret.

Création d’un environnement oceano et pyferret

Si on veut aussi installer pyferret dans le même environnement, il est conseillé d’intaller pyferret en premier, puis les autres packages:

conda create --name FERRET -c conda-forge/label/cf202003 pyferret ferret_datasets --yes
conda activate FERRET
conda install -c conda-forge xgcm hdf5storage xarray 
conda install matplotlib netcdf4 ipython jupyter cartopy numba ipykernel

remarque:
- numpy est installé automatiquement par dépendance de pyferret - pandas, dask, cloudpickle, scipy sont installés automatiquement aussi par dépendances.

Utilisation de ces environnements

Pour utiliser cet environnement:

conda activate oceano

Pour désactiver cet environnement lorsqu’on le souhaite:

conda deactivate

remarque: - pas d’installation de spyder (incompatibilités, … si quelqu’un a une solution, je suis preneuse…)

Installation d’un environnement conda pour Copernicus

Voir la doc Documentation sur Copernicus Marine .