Installation de pyferret avec Anaconda

Suivre les explications du README de pyferret: https://github.com/NOAA-PMEL/PyFerret/blob/master/README.md

1) Prérequis

Installer Anaconda (se réferer à la page Configurer son ordi Ubuntu pour le calcul scientifique pour plus de détails).

Pour Mac Os X, il est nécessaire de suivre la procédure d’installation de Rosetta et de forcer conda à créer un environnement x86_64. Voir la page Configurer son ordi Mac pour le calcul scientifique pour plus de détails.

2) Installation de l’environnement FERRET

Dernière version de Pyferret pour ubuntu > 20.04

Pour avoir la dernière version de PyFerret:

conda create -n FERRET -c conda-forge pyferret ferret_datasets python=3.9 --yes

Avec cette installation, on peut rencontrer l’erreur suivante lors de l’utilisation de pyferret: “A module that was compiled using NumPy 1.x cannot be run in NumPy 2.0.2 as it may crash.”

Pour résoudre ce problème, il faut installer une version de numpy plus ancienne (même après l’installation de pyferret):

conda install "numpy<2"

Cela devrait résoudre le problème.

Pyferret pour ubuntu 20.04

Attention! Pour installer PyFerret avec Ubuntu 20.04 TLS, choisir une version de 2020 (https://www.pmel.noaa.gov/maillists/tmap/ferret_users/fu_2019/msg01061.html)

conda create -n FERRET -c conda-forge/label/cf202003 pyferret ferret_datasets python=3.9 --yes

Usage de python 3.9 au lieu de 3.10

Pyferret peut ne pas fonctionner avec python 3.10 (erreur: https://github.com/conda-forge/pyferret-feedstock/issues/94 ). Si c’est le cas, spécifier la version de python:

conda create -n FERRET -c conda-forge pyferret ferret_datasets python=3.9 --yes

conda create -n FERRET -c conda-forge/label/cf202003 pyferret ferret_datasets python=3.9 --yes

3) Utilisation de pyferret

A chaque utilisation de pyferret:

activer l’environnement

conda activate FERRET

lancer pyferret

pyferret

Désactiver l’environnement une fois l’usage fini

conda deactivate

4) Utilisation d’un script pour faciliter le lancement de pyferret

Ces deux commandes activate + pyferret peuvent être remplacées par un alias à insérer dans votre .bashrc:

alias mypyferret='source activate FERRET && pyferret'

Ou alors, vous pouvez aller voir le script pyferret.sh dans la doc https://github.com/NOAA-PMEL/PyFerret/blob/master/README.md

5) Commandes de test pour vérifier votre installation pyferret

Lancer pyferret et utiliser un netcdf (ici file.nc). Avec une variable 3D température nommée TEMP

pyferret

use file.nc
sh d
shade TEMP[l=1]