Configurer son ordi Ubuntu pour le calcul scientifique

Installations via apt_get / aptitude:

sudo apt-get install aptitude
sudo aptitude install vim-gtk3
sudo aptitude install stow git gfortran libnetcdff-dev
sudo aptitude install libopenmpi-dev openmpi-bin

Installation de Anaconda

L’installation se fait via le site officiel d’Anaconda: Anaconda.

1) installation via miniconda

Le script ci-dessous est à adapter suivant la page web de miniconda si vous souhaitez plus d’infos :

Si possible, une installation en root est à privilégier pour que l’ensemble des utilisateurs puissent en bénéficier. Si on n’a pas d’accès root, on peut installer miniconda dans le répertoire /home/votrelogin/anaconda/miniconda3 par exemple.

# Install miniconda to /miniconda
wget --proxy-user="tonlogin" --proxy-password="tonmotdepasse" « https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh »
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -p  /opt/miniconda3  -b
rm Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
conda update -n base -c defaults conda

2) installation dans le .bashrc (a installer dans les home de chacun)

A la fin de l’installation, l’installateur propose de rajouter le chemin de miniconda dans le .bashrc, via la commande conda init. Si on accepte, les commandes ci-dessous sont ajoutées dans le .bashrc automatiquement. Si ce n’est pas le cas, vous pouvez toujours ajouter manuellement les lignes suivantes:

 /opt/miniconda3/condabin/conda init

Relancer ensuite un terminal pour que les modifications soient prises en compte.

3) Création d’un environnement pour l’océanographie

Vous pouvez ensuite vous référer à la page Anaconda pour l’oceanographie pour la création d’environnements conda adaptés à l’océanographie.

Matlab

  • Téléchargement de matlab via le site officiel en créant un compte avec votre email univ-tln.fr. L’installation doit se faire via le wifi ou de chez soi à cause du proxy.

  • Pour Luminy, voir matlab à Luminy

Penser aussi à:

créer une clef SSH et la diffuser sur d’autres ordinateurs pour éviter de taper son mot de passe (voir doc Générer une clef ssh )

script complet :

En fonction de toutes les commandes ci-dessus, le script complet est le suivant, via le proxy de l’université de Toulon:

#!/bin/bash

# variable proxy_tln (mettre à true si le proxy de la fac de toulon doit être utilisé, sinon false)
proxy_tln=true

# Installation des paquets nécessaires
sudo apt-get install aptitude -y
sudo aptitude install vim-gtk3 -y
sudo aptitude install stow git gfortran libnetcdff-dev -y
sudo aptitude install libopenmpi-dev openmpi-bin -y
#### installation de miniconda ####
if [ "$proxy_tln" = true ]; then
    export http_proxy=cache.univ-tln.fr:3128
    export https_proxy=cache.univ-tln.fr:3128
    wget --proxy-user="tonlogin" --proxy-password="tonmotdepasse" "https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh"
else
    wget "https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh"
fi
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -p  /opt/miniconda3  -b

# mise a jour
conda update -n base -c defaults conda

#### FERRET: #### 
conda create -n FERRET -c conda-forge pyferret ferret_datasets python=3.9 --yes
conda install "numpy<2"

#### ocean parcels : ####  3.1.2
conda create -n oceanparcels -c conda-forge  parcels

Puis pour chaque utilisateur, il faut rajouter dans le .bashrc:

/opt/miniconda3/condabin/conda init