Machine respore au MIO Toulon

Voici une liste des environnements anaconda et dockers à disposition sur la machine Respore.

anaconda

env “oceano”

Environnement “oceano” avec de nombreux packages nécessaires pour l’océanographie: dask, xarray, xgcm, numpy, pandas numpy xarray netcdf4 dask scipy ipython jupyter cartopy matplotlib cloudpickle …

conda activate oceano

env “FERRET”

Environnement nécessaire pour pyferret.

conda activate FERRET
pyferret

env “copernicusmarine”

Permet de télécharger les données de Copernicus Marine: voir la doc interne au wiki spécifique à Copernicus Marine.

conda activate copernicusmarine

env “croco_pyenv”

Environnement nécessaire à la toolbox python croco, qui a pour but de remplacer la crocotools écrite en matlab.

conda activate croco_pyenv

docker

Docker est installé sur la machine respore. Pour plus d’informations sur docker, voir la doc Créer et partager une image docker et Création et utilisation d’un docker (exemple pour pyferret).

A long terme, plusieurs environnements seront disponibles sous forme de docker. Pour l’instant, seul oceanparcels est à votre disposition.

oceanparcels 3.1.0

Pour lancer le docker d’oceanparcels 3.1.0, et partager le répertoire /home/monlogin/work dans lequel nous avons nos données ou scripts, taper la commande suivante:

docker run -i -v /home/monlogin/work/:/work -t oceanparcels:3.1.0

Les données ou scripts dans /home/monlogin/work/ seront accessibles dans le docker dans le répertoire /work.

Si vous avez besoin de télécharger des données dans les scripts python pour oceanparcels, vous aurez besoin d’indiquer le proxy dans vos scripts. Se référer à la doc Travailler à la fac de Toulon derrière un proxy pour plus d’informations sur le proxy.