Calcul scientifique au laboratoire MIO

auteur: Camille Mazoyer, camille.mazoyer@ird.fr

maj: janv 2025

I’ll translate my notes into English as I go along.

Merci de m’envoyer un email si une des infos ci-dessous n’est plus à jour, pour que j’améliore la documentation.

Configuration globale

• Configurer son ordi Ubuntu pour le calcul scientifique

• Configurer son ordi Mac pour le calcul scientifique

• Bonnes pratiques de travail (mots de passes, nuage, git …)

• Travailler à l’université de Toulon sous proxy

Informatique (divers)

• Connexion à un ordinateur via un tunnel

• Générer une clef ssh

• screen : détacher des processus / nohup

• rsync (local ou via ssh)

• Garder une connexion ssh persistante (éviter les déconnexions trop rapides)

• Connexion à distance à Tools

Fiches logiciels

• Mémos, raccourcis et améliorations de VIM/GVIM

• Utilisation de GDB avec exemple de CROCO sur le cluster de l’OSU - EN CONSTRUCTION -

• Utilisation de Visual Studio Code, éditeur de code

• Installation et configuration de x2go - EN CONSTRUCTION -

• Récupération de fichiers netcdf via Copernicus avec Copernicusmarine

• Utilisation de Zenodo et Github pour mettre son code sous DOI

Docker

• Création et utilisation d’un docker (exemple pour pyferret)

• Créer et partager une image docker

Git

• Mémos, raccourcis et améliorations de GIT

• Creer un site web de documentation avec mkdocs et le gitlab de l’OSU Pytheas

• Creer un site web de documentation avec sphinx et le gitlab de l’OSU Pytheas : en construction

• Utilisation de Quarto pour créer un site web, avec github

• Utilisation de Github Copilot dans Visual Studio Code

Anaconda

• Installation de pyferret avec Anaconda

• Installation d’un environnement Anaconda pour l’océanographie

• Partager un environnement Anaconda entre deux utilisateurs d’une même machine

Ferret

• Premiers pas en ferret - EN CONSTRUCTION -

Fortran

• Options de compilation pour debugger en Fortran - EN CONSTRUCTION -

• utilisation du debugger gdb avec croco (sur le cluster OSU) - EN CONSTRUCTION -

• Listing des erreurs de compilations rencontrées lors d’installations de CROCO ou ROMS sur les machines de TP ou laptop - EN CONSTRUCTION -

Matlab

• Créer un exécutable sous matlab: exemple sur le cluster de l’OSU

Python

• Forcing unbuffered writing in a Python file

• Utilisation de google collab pour des jupyter notebook python

• Toolbox pycroco (toolbox officielle de CROCO): sources et documentation

• la bibliothèque XOA gère les sorties CROCO

• Utilisation de gros jeux de données netcdf via xarray: documentation et tutoriels

Utilisation de clusters locaux, régionaux, nationaux

Respore au MIO Toulon

• Machine respore au MIO Toulon

Cluster de l’OSU Pytheas

• le site web du cluster de l’osupytheas

• Documentation pour une Connexion à distance à Tools - EN CONSTRUCTION -

Cluster régional CCAMU Marseille

• Mes docs sur l’utilisation du Mésocentre CCAMU de Marseille

• Tutoriaux officiels

IDRIS

• Site web de l’IDRIS

• cheat sheet sur l’utilisation du calculateur de l’IDRIS

• Utilisation des jupyter notebook sur Jean Zay